Baptizado com o nome de João, na catedral de São Rufino, depressa o seu nome é mudado para Francesco (Francisco), como forma do seu pai homenagear a Graça onde ia buscar os panos para o seu comercio.
A sua infância e adolescência passou-se com a normalidade dos da sua condição social. Aprende a ler e escrever à sombra do Clero, na igreja. De sua mãe, Francisco recebe a educação quase ao estilo francês; o gosto pela música e alegria, pela cordialidade e delicadeza no trato. No meio de tudo isto, Francisco mostra desde cedo o gosto também pelo sossego, pelo recolhimento interior.
Em Novembro de 1202 Assis trava guerra contra Perúsia, na ponte de São Giovanni. Francisco é feito prisioneiro e levado para o cárcere onde permanece cerca de um ano, após o qual é mandado em liberdade por se encontrar gravemente enfermo. Os próximos dois anos viriam a ser de convalescença.
Na Primavera de 1205, já restabelecido, decide responder aos apelos do Papa. Francisco alista-se nos exércitos comandados por Gualter de Brienne para combater na Apúlia. È armado cavaleiro e parte.
Em Espoleto por meio de um sonho, ouve uma voz que o interroga sobre quem vale mais servir, se o Senhor ou o servo. Respondendo ele que ao Senhor, a voz disse-lhe "Eu sou o teu Senhor, volta para Assis e lá te direi o que fazer", Cf. LM I, 3 in F.F:, p. 600).
Desfeitos os seus sonhos cavaleirescos, volta a Assis e espera de novo aquela voz. O tempo passa e Francisco e Coroado o Rei da Juventude pela sua alegria, modo cortês e pelas muitas festas que dava aos amigos.
No verão dá com olhos num leproso e foge. Arrebatado, como quem procura ainda aquela voz, volta a trás, beija o leproso e sente romper dentro de si como que algo que o prendia a si mesmo e aos seus medos. Seria Cristo transfigurado naquele leproso? (Cf. 2 CV, 9 e T. 3, in F.F., pp.366 e 170 respectivamente).
Pouco tempo depois dá a última festa aos seus amigos. Aquele tipo de vida começava a não lhe dizer nada. Algo de Estranho se estava a passar com ele.
Nos finais de 1205, durante um passeio pelo campo, entra na pequena capela em ruínas, dedicada a S. Damião. É ai que, contemplando o grande crucifixo bizantino lhe vem a interrogação: "Senhor, que queres que eu faça?". Algo de insólito acontece: Francisco ouve de novo aquela voz de Espoleto que lhe diz: "Vai Francisco e Restaura a minha Igreja que como vês ameaça ruir!".
A partir daqui a sua vida muda completamente. Vai a Folinho vender alguns panos do pai para o restauro daquela capelinha o que leva conflitos com pai. Este desesperado com as atitudes do filho, leva-o ao tribunal do Bispo e é aqui que Francisco de despoja de tudo, dinheiro, roupas e até do próprio nome: "até aqui tenho chamado na terra pai a Pedro Barnardone. De hoje em diante direi apenas 'Pai nosso que estais no céu'!" (cf. LM II, 1-4, in F.F., pp. 604-607).
Depois de Renunciar a tudo, veste-se com um hábito de ermita e começa a restaurar ele mesmo a capelinha de São Damião. Depois desta segue-se S. Maria da Porciúmcula, que viria mais tarde a ser o berço de toda a sua Ordem, S. Pedro e outras.
A sua verdadeira vocação acaba por descobri-la no dia 24 de Fevereiro de 1208, na Porciúncula, onde ouve ao ler o Evangelho da missa da festa de S. Matias. Ao ouvir que "os discípulos de Cristo nada deviam possuir, mas somente pregar o Reino de Deus e a penitência, Imediatamente exclama: "isto mesmo eu quero, isto peço, isto anseio poder realizar com todo o meu coração'!". Francisco depressa se desfaz das sandálias, atira fora o bastão, contenta-se com uma só túnica e substitui o cinto por uma corda (cf. 1 c 18-21, in F.F., pp.243-246). Apartir daqui, Francisco procura somente seguir o exemplo dos discípulos e do mestre amado.
Dos aspectos da sua vida há a referir o seu grande amor às Criaturas, a sua paixão pelo mistério do Natal (recordemos que ele celebrou o primeiro presépio ao vivo em Greccio, (cf. 1 C 84-87, in F.F., p. 297ss.), a sua dor pela paixão de Cristo, a paz e reconciliação que fez entre o podestá da Cidade de Assis e o Bispo, a paz entre tantas cidades e Aldeias e até entre um Lobo e os Habitantes da cidade Gubbio.
O Seguimento e amor por Cristo pobre, leva-o a desejar duas coisas antes de morrer: "Senhor meu, Jesus Cristo, rogo que me concedas duas graças antes de morrer: que eu sinta no meu corpo e alma, quando possível, as dores que Tu sofreste na Paixão e que eu sinta no meu coração, quanto possível, aquele Amor em que Tu ardias quando sofreste voluntariamente tantos tormentos por nós pecadores".
Cristo aparece-lhe como um Serafim crucificado imprimindo nele os Seus estigmas. Era dia 14 de Setembro de 1224, festa da exaltação da Santa Cruz, no eremitério do Monte Alverne (cf. Ch III, in F.F., p. 1307).
Dois anos mais tarde, já em Assis no pequeno convento da Porciúncula, junto daquela capelinha dedicada à Mãe de Deus, berço de toda a Ordem, Francisco sente a chegada da sua hora. Chama os seus filhos até si. Acrescente as últimas estrofes ao seu belo Cântico das Criaturas e abençoa os seus filhos presentes e todos os que viriam no futuro. Deitando sobre a terra nua, entre muita oração e lágrimas dos presentes, espera consciente o momento de partir.
Era o dia 3 de Outubro de 1226, um Sábado, Logo após o por do sol Francisco exclama: "eu cumpri a minha missão; Cristo vos ensine a cumprir a vossa (...) adeus, meus filhos todos – disse – vivei no temor do Senhor e nele vos conservai sempre!" (Cf. 2 C 214-216, in F.F., pp. 545-547)
O pobrezinho de Assis entrega-se assim nas mãos do Pai. Para trás deixava muitos filhos e filhas e um movimento de irmãos e irmãs Menores.
No dia seguinte é sepultado na igreja de São Jorge, dentro das muralhas da cidade de Assis. O cortejo fúnebre passa pelo conventinho de São Damião, agora habitado por Clara e Suas Filhas, e ai se detém por uns momentos para que também elas pudessem contemplar pela última vez, na terra, o pai espiritual.
16 de Julho de 1228, dois anos após a sua morte, Francisco é canonizado por Gregório IX.
Em 1230 o corpo de Francisco é exumado e transladado para a cripta da Basílica construída em sua honra (Cf. F.F., p. 18).
Pela Sua forma de olhar as coisas criadas, João Paulo II proclama Francisco de Assis com Patrono da Ecologia e dos Movimentos Ecologistas, a 29 de Novembro de 1979 (cf. João Paulo II, Carta Apostólica "Incter Sanctos", in AAS 71, 1979, pp. 1509-1510).
Assis, é hoje uma cidade mundialmente conhecida. É a cidade do "Poverello", do Patriarca do Pobres, do Irmão Universal. Esta cidade viu nascer o Homem que mais abalou a Sociedade e a Igreja neste nosso milénio, São Francisco de Assis é considerado o Homem do milénio, encabeçando a lista dos 10 maiores e seguido de: Getemberg, Colombo, Miguel Angelo, Lutero, Galileu, Shackspeare, Thomas Jefferson, Mozart e Einstein.
Assis é também a cidade de Clara, a "Pequena plantazinha" do grande jardim de Deus quis dar ao mundo no seu Servo Francisco.